Zaruski urodził się 31 stycznia 1867 r. w Dumanowie k. Kamieńca Podolskiego na Podolu. Już jako dziecko przejawiał zdolności plastyczne i literackie. Jego dziadek, ojciec i stryj byli uczestnikami powstań narodowych w latach 1831 i 1863, młody Mariusz wzrastał więc w atmosferze patriotyzmu. Po śmierci ojca, ukończywszy gimnazjum w Kamieńcu Podolskim, przeniósł się do Odessy, gdzie rozpoczął studia na tamtejszym uniwersytecie na wydziale fizyko-matematycznym. Właśnie wtedy, w porcie, obserwując rozbijające się o brzeg fale Morza Czarnego, odkrył swą pierwszą miłość – morze.
Oddając się pasji, zaciągał się w charakterze wolontariusza na okręty Rosyjskiego Towarzystwa Żeglugi i Handlu oraz Floty Ochotniczej i jako prosty marynarz podróżował do Chin, Japonii, Indii, Egiptu, Syrii, na Syberię i Daleki Wschód. Po powrocie, nadal zauroczony morzem, chcąc pogłębić wiedzę morską, przyuczył się do zawodu marynarskiego. Zaruski miał jeszcze większe aspiracje. Jako Polak, wnuk i syn powstańców rozpoczął działalność patriotyczną, zorganizował związek walki czynnej z caratem i w ramach tzw. "czwartków literackich" spotykał się z patriotyczną i rewolucyjną młodzieżą.
Po skończeniu studiów uniwersyteckich, zapisał się do szkoły malarskiej. Miał też otrzymać dyplom oficera marynarki handlowej. Niestety żandarmeria carska odkryła działalność patriotyczną polskiej młodzieży. Zaruski jako organizator otrzymał najsurowszy wyrok, został skazany na 1,5 roku więzienia i 5 lat zesłania na Sybir. Na swej drodze spotkał wielu Polaków – zesłańców, wśród nich Andrzeja Struga, późniejszego pisarza i działacza niepodległościowego. Za jego radą, ale też i z nudów, Zaruski odkrył w sobie talent literacki. Tłumaczył poezję rosyjskiego poety Nadsona, sam próbował pisać wiersze. Głównie jednak dążył do uzyskania zezwolenia na pływanie. Jego starania zostały nagrodzone, otrzymał pozwolenie na odbywanie podróży. Na żaglowcu "Dzierżawa" z ładunkiem drewna i futer, wyruszył w pierwszy rejs przez Ocean Lodowaty do Norwegii. Dostrzegł go także bogaty białomorski Pomorzanin Smietanin, właściciel żaglowca "Nadzieja". Z jego polecenia Zaruski dostał się do szkoły nawigacyjnej w Archangielsku gdzie z wynikiem celującym zdał niezbędne egzaminy i uzyskał dyplom szturmana żeglugi wielkiej oraz stanowisko kapitana na szkunerze "Nadzieja". Losy swej marynarskiej służby z tego okresu opisał w opowiadaniach zawartych w tomie pt. "Na morzach dalekich" i w sonetach pt. "Sonety morskie" i "Sonety północne". Podczas rejsów często odwiedzał skaliste, postrzępione fiordami wybrzeża Norwegii. Wtedy właśnie odkrył swą drugą miłość – góry. Po powrocie z zesłania powrócił do Odessy, ożenił się córką odeskiego lekarza – Izabelą Kietlińską i wyjechał z nią do Krakowa. Tam wstąpił na Akademię Sztuk Pięknych.
Równolegle ze studiami, Zaruski brał czynny udział w życiu społecznym, działał w Towarzystwie Szkoły Ludowej i Uniwersytecie Ludowym im. A. 
Mickiewicza. Zły stan zdrowia żony Izabeli spowodował przeprowadzenie się na stałe do Zakopanego. Odżyła miłość do gór. Zaruski podjął ożywioną działalność sportową i społeczną; torował szlaki turystyczne w górach, szkolił młodych przewodników, prowadził liczne wycieczki. Został współredaktorem pisma "Zakopane", pisał liczne artykuły, wydał zbiór opowiadań górskich pt. "Na bezdrożach tatrzańskich". To właśnie on, poznawszy na północy praktyczną użyteczność nart, zaczął propagować narciarstwo jako sport. Dzięki temu Zakopane, dotąd będące jedynie miejscowością letniskową, zaczęło być postrzegane także jako centrum turystyki i sportów zimowych. Zwiększył się ruch turystyczny, niestety wzrosła też ilość wypadków. Zaruski chcąc temu zaradzić, założył w 1909 roku Tatrzańskie Ochotnicze Pogotowie Ratunkowe. Swym działaniem wpisał się na listę najbardziej zasłużonych ludzi dla Tatr i Zakopanego. Wybuchła I wojna światowa. Mariusz Zaruski zostawił wszystko, co do tej pory leżało w sferze jego zainteresowań i zgłosił się do polskiej formacji wojskowej. Takim sposobem były marynarz, malarz, pisarz i publicysta a w później taternik i społecznik został ułanem. Na froncie przechodził kolejno wszystkie stopnie wojskowe, aż do rotmistrza. W 1917 r. odmówił przysięgi Niemcom za co został uwięziony i osadzony w przemyskim więzieniu.
Rozpadnięcie się Austro – Węgier i koniec wojny, oswobodziło go z więzienia. Zaruski powrócił do Zakopanego by dalej działać. Powołano go jako organizatora i dowódcę 11. Pułku Ułanów. Za swe zasługi został uhonorowany Virtuti Militari oraz pięciokrotnie Krzyżem Walecznych. W 1923 roku został adiutantem prezydenta Stanisława Wojciechowskiego, następnie mianowano go generałem brygady WP. W stan spoczynku przeszedł na kilkanaście dni przed przewrotem majowym w 1926 roku. Jako emeryt podjął się działalności organizacyjnej i propagandowej na rzecz pogłębienia przez Polaków spraw morza i marynarki. Propagował sport żeglarski i modę wśród elit gospodarczych i politycznych na jachting polski. W roku 1926 wskrzesił Komitet Floty Narodowej, z funduszu którego zakupione zostały cztery statki: "Dar Pomorza", szkolna fregata marynarki handlowej, "Sławomir Czerwiński" oraz zakupione ze składek prawników jachty "Temida I" i "Temida II". Rok później Zaruski objął stanowisko starosty morskiego na Wybrzeżu. W tym samym roku zorganizował Morską Komisję Terminologiczną, która opracowała i wydała drukiem sześć zeszytów Słownika Morskiego.
W roku 1923 wspólnie z Antonim Aleksandrowiczem zorganizował Yacht Klub Polski. Owocem był zakup pierwszego w Polsce jachtu pełnomorskiego "Witeź". Korzystając z pomocy wprawionego żeglarza Michała Laudańskiego, Zaruski podjął pierwsze jachtowe wyprawy żeglarskie po Morzu Bałtyckim. Wkrótce znaleźli się inni naśladowcy, po Bałtyku zaczęły pływać nowe jachty. Powstał Oficerski Yacht Klub, Ośrodek Morski PUWF i PW. W przedwojennej Polsce aktywnym nurtem żeglarskim stało się harcerstwo. Mariusz Zaruski z harcerzami spotkał się po raz pierwszy na kursie morskim w Jastarni, w lipcu 1929 r., na którym był instruktorem. Odtąd jego losy związały się z harcerstwem. Już w roku 1932 cały turnus żeglarski zajęty był przez harcerzy. Pojawiły się również pierwsze harcerski- żeglarki.
Zaruski podjął się trudnego zadania wyprowadzenia swych rodaków, zwłaszcza młodzieży na szerokie szlaki wodne. Pisał: "pływałem… mokłem i marzłem na pokładach jachtów nie po to, ażeby z Was uczynić sportowców… lecz dlatego, ażebyście Wy, jako Polacy poznali morze, uczuciem z nim się związali, uznali je za własną, bezcenną wartość, bez której nie ma życia dla dzisiejszej Polski. W tej myśli pracowałem, pływałem po morzu często nawet wtedy, kiedy do pływania nie miałem ochoty, wskutek złego zaopatrzenia jachtów brałem zbyt często na siebie ryzyko odpowiedzialności, moc energii zużywałem nieproduktywnie na usuwanie głazów, które ziomkowie gorliwie i skrzętnie gromadzili mi na drodze, znosiłem cierpliwie uderzenia losu". Rok 1934 był przełomowy. Harcerstwo posiadające już sporą flotyllę, w tym 10 jednakowych fińskich jachtów zatokowych typu Vingbot, zwanych "Czajkami", zakupiło w Danii duży szkuner o nazwie "Petrea". Szkuner został przebudowany na statek szkolny harcerzy i otrzymał nową nazwę – "Zawisza Czarny". Przy przebudowie szkunera nieocenioną pomoc ofiarował por. mar. handl. Jan Kulczycki, jedyny w gronie harcerzy-żeglarzy zawodowy marynarz. W maju 1935 r. Mariusz Zaruski został kapitanem szkunera. 29 czerwca 1935 roku "Zawisza Czarny" wyruszył w swój pierwszy rejs. Na jachcie Zaruski obdarzany był wielkim szacunkiem. Pomimo nalegań, by tytułować go kapitanem, harcerze powszechnie zwracali się do niego "Panie Generale". W roku 1939 odbył się ostatni rejs "Zawiszy". W sierpniu statek gotów był do kolejnej podróży. Mariusz Zaruski świadomie zwlekał z wyruszeniem w rejs. Gdyby odbił od brzegu, ocaliłby siebie, załogę i statek. Lecz Zaruski pozostał wierny swym zasadom i nie opuścił ojczyzny w potrzebie. Zgłosił się do władz wojskowych, ale z powodu podeszłego wieku nie został przyjęty.
Z płonącej Warszawy wyjechał do Lwowa. W marcu 1940 r. został aresztowany przez władze NKWD. W wyniku śledztwa Mariusz Zaruski i jego żona 
podejrzani o udział w organizacji konspiracyjnej, zostali skazani na 5 lat zesłania. Generał nie doczekał wyzwolenia. Zmarł w szpitalu aresztu śledczego w Chersoniu, 8 kwietnia 1941 roku. Jesienią 1997 roku z inicjatywy Związku Harcerstwa Polskiego sprowadzono urnę z prochami Generała Mariusza Zaruskiego, która spoczęła na Starym Cmentarzu w Zakopanem. W tym samym roku pośmiertnie oznaczono go Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. Na Pęksowym Brzyzku stanął grobowiec. Napis na nim głosi: Gen. Mariusz Zaruski, 1867-1941, człowiek gór, twórca Tatrzańskiego Pogotowia Ratunkowego, taternik, żeglarz, pisarz.
